Στη μεγάλη πρωτομινωική νεκρόπολη στην Αγία Φωτιά, τα πολλά κυκλαδικά στοιχεία στα κτερίσματα δημιούργησαν την εντύπωση ότι το νεκροταφείο ανήκε σε αποικία Κυκλαδιτών. Αναζητώντας τον οικισμό στο λόφο των Κουφωτών, αποκαλύφθηκαν δύο κυκλικά κτίσματα της Μεσομινωικής ΙΙ φάσης, ανεπιβεβαίωτης ταφικής χρήσης. Στο τέλος της Προανακτορικής εποχής ανήκει μεγάλο ορθογώνιο κτίριο, μοναδικό σε όλο το Αιγαίο, με κεντρική αυλή και 36 χώρους. Η συμμετρία του, η κεντρική αυλή και η εσωστρέφεια των δωματίων που βλέπουν όλα προς αυτή αλλά και η επιδίωξη μνημειώδους εντύπωσης αποτελούν στοιχεία πρωτοφανή για τη μινωική αρχιτεκτονική. Το κτίριο έζωνε οχυρωματικό τείχος με τέσσερις πύργους. Χίλια περίπου στρέμματα ερευνήθηκαν επιφανειακά. Οι σημαντικότερες θέσεις ήταν από τη Νεοανακτορική εποχή και τον 7ο αιώνα π.Χ.
Από το 1985 άρχισε η συστηματική ανασκαφή στην παραθαλάσσια θέση του Πετρά πλάι στη Σητεία, όπου ερευνήθηκαν δύο νεοανακτορικά διώροφα σπίτια που καταστράφηκαν στην Υστερομινωική Ια εποχή. Χαραγμένα σημάδια σε κάποια από τα 500 περίπου αγγεία επιτρέπουν την υπόθεση για ύπαρξη πινακίδων. Βρέθηκε υστερομινωικό Ια ακέραιο λίθινο πατητήρι σταφυλιών και ενδείξεις για κατοίκηση κατά την Πρωτομινωική και Μεσομινωική φάση. Στην κορυφή του λόφου αποκαλύφθηκε μεγάλο νεοανακτορικό κτίριο σχεδόν «μεγαλιθικής» κατασκευής. Εξαιρετικά σπάνιο για την Κρήτη είναι το κυκλώπειο υστερομινωικό Ι οχυρωματικό τείχος με τεράστιους τετράγωνους πύργους. Ο λόφος είχε κατοικηθεί από την Τελευταία Νεολιθική μέχρι την Υστερομινωική ΙΙΙΑ. Τα νεολιθικά λείψανα φαίνεται πως συνδέονται με τα Δωδεκάνησα. Εντοπίστηκε επίσης σημαντικό υστερομινωικό Ι κεραμικό εργαστήριο. Εκτεταμένη επιφανειακή έρευνα από την πόλη της Σητείας ως τη Μονή Τοπλού δείχνει ότι ο κόλπος είχε πυκνή μινωική κατοίκηση.