Οι φθορές λοιπόν δεν προέρχονται από τις αποκλίσεις της θερμοκρασίας ούτε από τα επίπεδα σχετικής υγρασίας γενικά, αλλά από την διείσδυση του νερού και μάλιστα σε μεγάλες ποσότητες. Η γενική αυτή εικόνα είναι αποτέλεσμα μιας κατασκευής που από την αποπεράτωση της ακόμα είχε μόνιμα πρόβλημα με τη διείσδυση της υγρασίας και παρ’ όλες τις μετέπειτα επεμβάσεις (επικεράμωση ) και την μόνωση εξωτερικά (ασφαλτόπανο), διότι οι επισκευές αυτές περιορίστηκαν από τον τρούλο και ανατολικά, ενώ τα προβλήματα εισροής που παρατηρούνται κυρίως στα κεντροδυτικά και ειδικά στον δυτικό τοίχο ( η συνεχής εισροή υδάτων έστω και σε μικρή ποσότητα είναι μόνιμη ) συνεχίζονται. Τα καμπαναριά συλλέγουν μεγάλες ποσότητες υδάτων και λόγο των δομικών αστοχιών, διοχετεύονται στις σκάλες και έως τον δυτικό τοίχο και από εκεί στον υπόλοιπο ναό. Κατά τους μήνες του χειμώνα όπου οι βροχοπτώσεις ήταν συχνές ο δυτικός τοίχος ήταν κορεσμένος. Άλλη μια σημαντική πηγή εισερχόμενης υγρασίας προς το εσωτερικό είναι οι φθορές των παραθύρων. Τα παράθυρα αποτελούνται από δυο ή τρία συνενωμένα φύλλα μαρμάρων. Το υλικό που είχε χρησιμοποιηθεί για την συμπλήρωση των αρμών μεταξύ των φύλλων έχει φθαρεί και ειδικά στα παράθυρα των κωδωνοστασίων αλλά και του βορίου κλίτους του γυναικωνίτη έχει χαθεί. Επίσης στα παράθυρα του γυναικωνίτη αλλά και των καμπαναριών παρατηρούνται απώλειες χρωματιστών γυαλιών, με αποτέλεσμα να έχουν μείνει τρύπες διαμέτρου περί των δεκαπέντε εκατοστών στα παράθυρα , με ότι αυτό επιφέρει σε μέρες υψηλής υγρασίας. Ο τρίτος τρόπος όπου εισέρχεται υγρασία, είναι από τη φθαρμένη κεραμοσκεπή. Από την δυτική πλευρά του τρούλου, έως τα καμπαναριά, παρατηρούνται αρκετά φθαρμένα, σπασμένα και αποκολλημένα κεραμίδια.
Ο μόνος παράγοντας που κρατά ελεγχόμενη ως ένα βαθμό την κατάσταση της εκκλησιάς, είναι ότι επειδή ο ναός χρησιμοποιείται καθημερινά και θερμαίνεται και αερίζεται μόνιμα, στεγνώνει η εισερχόμενη υγρασία, κυρίως του ισογείου. Με τον καιρό και αφού δεν αντιμετωπίζεται το πρόβλημα της εισερχομένης υγρασίας, πολλαπλασιάζονται τα σημεία όπου παρατηρούνται οι εξανθήσεις αλάτων, καταρρεύσεις (εσωτερικά μόνο) του υποστρώματος, διαχωρισμός των στρωμάτων αλλά και ολικές απώλειες τμημάτων.