Η αποικία που πρώτοι οι Κλαζομένιοι επιχείρησαν να ιδρύσουν στο χώρο των Αβδήρων γύρω στα μέσα του 7ου αιώνα καταστράφηκε στο τέλος του από τους Θράκες. Τα Άβδηρα ίδρυσαν οι κάτοικοι της ιωνικής πόλης Τέω το 545 π.Χ. Ο μύθος λέει πως την πόλη ίδρυσε ο Ηρακλής θέλοντας να τιμήσει τον Άβδηρο που κατασπάραξαν τα ανθρωποφάγα άλογα του βασιλιά των Βιστόνων Θρακών Διομήδη. Στη διάρκεια των Περσικών πολέμων τα Άβδηρα χρησίμευσαν ως βάση των Περσών και ο Δημόκριτος άκουσε μαθήματα από τους Χαλδαίους μάγους που είχε μαζί του ο Ξέρξης.
Η πόλη διέκοψε την κυκλοφορία νομισμάτων της από το 449 ως το 439 π.Χ. και τη σταμάτησε μετά το 167 π.Χ. Στη ρωμαϊκή κυριαρχία παρέμεινε αυτόνομη πολιτεία σε στενή εξάρτηση από τη Ρώμη. Στον αφανισμό της συντέλεσαν και τα έλη που άρχισαν να δημιουργούνται στο ακρωτήρι Μπουλούστρα, τοπωνύμιο που προέρχεται από το όνομα του Πολύστυλου, μικρού οικισμού των βυζαντινών χρόνων.
Στα αρχαϊκά και κλασικά χρόνια τα Άβδηρα αριθμούσαν γύρω στους 22.000 κατοίκους, είχαν πολύ ανεπτυγμένη οικονομία και άριστα οργανωμένο δημοκρατικό πολίτευμα. Πολιούχος θεός τους ήταν ο Απόλλων και έμβλημά τους ο γρύπας. Η πόλη γιόρταζε τα Διονύσια, τα Θεσμοφόρια και διοργάνωνε αγώνες προς τιμήν του Άβδηρου. Διάσημοι Αβδηρίτες υπήρξαν ο Ανακρέων, ο Πρωταγόρας και ο Δημόκριτος.
Ο οχυρωματικός περίβολος της πόλης, που δημιουργήθηκε στο τέλος της αρχαϊκής εποχής, έχει κτιστεί με γωνιόλιθους πωρόλιθου και οι δόμοι του πλησιάζουν το ψευδοϊσόδομο σύστημα. Η πόλη χωριζόταν σε δύο τμήματα, με πιο σημαντικό το δυτικό όπου βρέθηκαν τρεις δρόμοι και όπου μάλλον βρισκόταν η αγορά. Στα ρωμαϊκά χρόνια, νότια από την πύλη του δυτικού τείχους κατασκευάστηκαν λουτρά ενώ, στον 9ο-10ο αιώνα μ.Χ., ο χώρος χρησιμοποιήθηκε ως νεκροταφείο. Οι κατοικίες που βρέθηκαν χρονολογούνται από τον 4ο αιώνα π.Χ. ως τη ρωμαϊκή εποχή. Από τα ελληνιστικά χρόνια εφαρμόστηκε το ιπποδάμειο σύστημα. Κτισμένες με μεγάλους γωνιόλιθους πωρόλιθου, ασβεστόλιθου ή γρανίτη, οι κατοικίες ήταν εσωτερικά επιχρισμένες με χρωματιστά ασβεστοκονιάματα. Τα Άβδηρα είχαν δύο λιμάνια και θέατρο έξω από τα τείχη. Οι τάφοι, από την αρχαϊκή ως την ελληνιστική εποχή, είναι διαφόρων ειδών: μονολιθικοί σαρκοφάγοι, κιβωτιόσχημοι, πήλινες λάρνακες, ταφικά πιθάρια, τεφροδόχα αγγεία, λακκοειδείς και κεραμοσκεπείς. Σε πολλές περιπτώσεις σκεπάζονται με τύμβους. Στα αξιόλογα ευρήματα που μοιράζονται τα Μουσεία της Καβάλας και της Κομοτηνής ανήκουν η σαρκοφάγος κλαζομενιακού τύπου με παράσταση του μύθου του Τρωίλου (500-400 π.Χ.), δύο ανθεμωτές επιστέψεις επιτυμβίων στηλών (5ος αιώνας π.Χ.), το ψηφιδωτό δάπεδο με δελφίνια, κρίνους και ανθέμια (250-200 π.Χ.) κ.ά.
Από τις ανασκαφές των δύο τελευταίων ετών στα Άβδηρα, ήρθε στο φως το πρώτο αρχαϊκό ιερό και εντοπίστηκε το νεκροταφείο των Κλαζομενίων (μέσα 7ου αιώνα π.Χ.). Οι τάφοι των ενηλίκων είναι απλές ταφές στην άμμο, ενώ το οι παιδικές ταφές γίνονται σε μεγάλα ταφικά αγγεία. Από τα κτερίσματα, πόρπες, ιωνικές κύλικες και ταφικοί αμφορείς φανερώνουν σχέσεις με τα παράλια της Μ. Ασίας, ενώ οι πρωτοκορινθιακοί αρύβαλλοι προδίδουν σχέσεις και με την κυρίως Ελλάδα.