Οι πρώτοι εισηγητές της επιστημονικής αντίληψης του κόσμου, ως προς την πρώτη αρχή του, αλλά και ως προς το γενεσιουργό αίτιο ήταν ο Θαλής ο Μιλήσιος (έζησε περί το 600 π.Χ.) και οι οπαδοί της Ιωνικής Σχολής. Ο Θαλής δεχόταν ότι το ύδωρ ήταν η πρώτη ύλη, από την οποία γεννήθηκαν τα πάντα, ενώ ο σύγχρονός του Αναξιμένης πρέσβευε ως αρχή των πάντων τον αέρα. Αυτός, όταν είναι μανιώδης, γίνεται πυρ και όταν πυκνώνει γίνεται νέφη και ύδωρ, γη και λίθοι. Τις πρώτες αυτές αόριστες ιδέες, οι οποίες μαρτυρούν μια πρώιμη παρατήρηση, διαδέχονται άλλες εμβριθέστερες.
Ο Παρμενίδης και οι Ελεάτες, οι οποίοι αναφέρονται από τον Ζώσιμο, δέχονται τη μονιμότητα. Τα πάντα ανάγονται σε ένα Ον, αιώνιο και ακίνητο, και σε αυτό πίστευαν και οι αλχημιστές όταν έλεγαν: «Ένα το παν και από το παν γίνεται το όλο σύνθεμα» ή κατά την εντονότερη έκφραση των μυστικών αξιωμάτων, που είναι γραμμένα στους συγκεντρωτικούς κύκλους του Δράκοντος (ο Αγαθοδαίμων ή θείος Δράκων, ο οποίος προσφωνείται και ως Όσιρις, του οποίου η κεφαλή είναι ο ουρανός, σώμα του ο αιθέρας, πόδια του η γη και το νερό γύρω του ο Ωκεανός, που γεννάει τα αγαθά και τρέφει την οικουμένη), «Ένα είναι το παν και δι’ αυτού το παν και σ’ αυτό το παν και αν δεν έχει το παν δεν είναι τίποτε το παν».
Οι αλχημιστές δεν κάνουν τίποτα περισσότερο από το να ακολουθούν τις διδαχές αυτών των μεγάλων φυσικών φιλοσόφων και να προσπαθούν να αναπαραγάγουν τις συνθήκες δημιουργίας του κόσμου μέσα στους κλιβάνους τους, με τον κατάλληλο συνδυασμό των φυσικών σωμάτων, σύμφωνα με την επιταγή του Ερμού του Τρισμέγιστου «ό,τι είναι επάνω, στον μακρόκοσμο, είναι ακριβώς το ίδιο και κάτω, στον μικρόκοσμο». Έτσι έχουμε τις μονιστικές θεωρίες του νερού (εικ. 7) στον Θαλή, του αέρα στον Αναξιμένη, του πυρός στον Ηράκλειτο και τις πολυαρχικές του φωτός και του σκότους –τουλάχιστον κοσμολογικά– στον Παρμενίδη, του ύδατος, του αέρος, της γης και του πυρός –που συνδυάζονται κάτω από τον ενεργειακό παράγοντα της έλξης και της απώθησης, με τις προσωποποιημένες δυνάμεις της αγάπης και του μίσους– στον Εμπεδοκλή. Ακόμα τη θεωρία των πραγμάτων και του ρυθμιστή νου, στον Αναξαγόρα. Τέλος, ως απάντηση στην ελεατική θεωρία και θέση του όντος και του μη όντος, τη θεωρία των ατόμων και του κενού στον Δημόκριτο.
Ο αρχαιότερος κατάλογος των Ελλήνων αλχημιστών, οι οποίοι απέκτησαν καθολικό κύρος, των Οικουμενικών, όπως τους αποκαλούσαν οι σύγχρονοί τους, είναι αυτός του Ανεπιγράφου Φιλοσόφου (Βιβλιοθήκη της Λυών, χφ. 2327, φ. 169, χφ. Αγίου Μάρκου, φ. 79): «Αφού προηγουμένως δώσαμε τα θεωρήματα της χρυσοποιίας, θα προχωρήσουμε στους κορυφαίους της τέχνης αυτής. Πρώτος είναι ο Ερμής ο Τρισμέγιστος, όπως λέγεται, που πήρε την προσωνυμία διότι προσέθεσε τρεις δυνάμεις ενεργείας στη χρυσοποιία, αλλά και πέρα από αυτήν διέκρινε τα όντα σε τρεις διαστάσεις. Αυτός είναι ο πρώτος συγγραφέας του μεγάλου τούτου μυστηρίου». Στον κατάλογο αυτόν, τα ονόματα των αρχαίων Ελλήνων φιλοσόφων θεωρούνται και ονόματα πραγματικών αλχημιστών συγγραφέων, οι οποίοι αναφέρονται στις περισσότερες πραγματείες που σώζονται.