Το «ελληνικό τμήμα» της Καπερναούμ, αγορασμένο από το Πατριαρχείο, καλύπτει 20.000 τ.μ. κατά μήκος της θάλασσας της Γαλιλαίας. Αποτελεί την ανατολική απόληξη της αρχαίας πόλης που το δυτικό της τμήμα ανήκει στο Φραγκισκανικό Μοναχικό Τάγμα της Κουστωδίας των Αγίων Τόπων. Ο σύγχρονος τοίχος που διαχωρίζει τα δύο τμήματα έτυχε να είναι και το διαχωριστικό όριο της αρχαιότερης πόλης (2ος αιώνας π.Χ.) από τη μεταγενέστερη. Ο διευθυντής των ανασκαφών Βασίλειος Τζαφέρης θεωρεί ότι η ίδρυσή της συμπίπτει με την ανακατάληψη των Αγίων Τόπων από τον Ηράκλειο το 629. Από τα ευρήματα ξεχωρίζουν λείψανα εγκαταστάσεων που χρησίμευαν ως αγκυροβόλιο και θησαυρός 282 χρυσών δηναρίων των Ομμεϋαδών.