Το Αρχαιολογικό Μουσείο Καλύμνου λειτουργεί από το 2009 και βρίσκεται στον περιβάλλοντα χώρο του Αρχοντικού Βουβάλη στην Πόθια. Στον όροφο του μουσείου έχει διαμορφωθεί η βυζαντινή αίθουσα που περιλαμβάνει αντιπροσωπευτικά εκθέματα που προέρχονται από την ανασκαφική έρευνα στο νησί και από παραδόσεις ιδιωτών. Χρονολογικά καλύπτει το διάστημα από τον 5ο αιώνα μ.Χ. ως τη μεταβυζαντινή περίοδο. Η έκθεση αρχίζει με τα εισαγωγικά κείμενα και τους κατατοπιστικούς χάρτες σχετικά με τη μνημειακή τοπογραφία του νησιού. Τα εκθέματα συνοδεύονται από λεζάντες, σχεδιαστικές αναπαραστάσεις, επεξηγηματικά κείμενα. Κυριαρχεί η αναπαράσταση ενός μαρμάρινου τέμπλου από μια παλαιοχριστιανική βασιλική με αξιόλογα αρχιτεκτονικά μέλη.