Οι εκκλησίες στα Κύθηρα, πρώην καθολικά μονών, χρονολογούνται από τον 13ο αιώνα και μετά. Εξαίρεση αποτελεί το ψηφιδωτό δάπεδο στο ναΰδριο του Αγίου Γεωργίου κοντά στην Παληόπολη που χρονολογείται στις αρχές του 7ου αιώνα. Αναφέρονται ως σπουδαιότερες πέντε εκκλησίες από τις οποίες οι τέσσερις πρώτες ανήκουν στον τύπο του σταυροειδούς ναού μετά τρούλου. Μεγαλύτερος είναι ο ναός του Αγίου Θεοδώρου κοντά στον Ποταμό, που τιμά τον πολιούχο του νησιού. Η Αγία Βαρβάρα στην Παληόχωρα χτίστηκε τον 13ο αιώνα από Μονεμβασιώτες πρόσφυγες. Ο Άγιος Πέτρος στο Μυλοπόταμο διασώζει αξιόλογες τοιχογραφίες του 12ου αιώνα. Απαντά και εδώ η τοπική ιδιορρυθμία να απεικονίζεται στην αψίδα του ιερού αντί της Πλατυτέρας ένας άγιος. Ο ναός του Αγίου Ανδρέα στο Λιβάδι ανάγεται τουλάχιστον στον 10ο αιώνα και ήταν αρχικά δικιόνιος σταυροειδής. Σήμερα έχει τη μορφή τρίκλιτης βασιλικής με χαμηλό, τετράγωνο εξωτερικά τρούλο. Ανάμεσα στις τοιχογραφίες (1628) βρίσκεται και κοσμική γυναίκα με ενδυμασία εποχής. Ο άγιος Δημήτριος στο Πούρκο έχει εξωτερικά ακανόνιστο σχήμα, ενώ εσωτερικά αποτελεί σύμπλεγμα τεσσάρων εκκλησιών. Στον ζωγραφικό του διάκοσμο από διάφορες περιόδους βρίσκεται κτητορική επιγραφή που σώζει και το όνομα του ζωγράφου. Τριάντα πέντε μεταβυζαντινές εκκλησίες γεμάτες με πολύτιμες τοιχογραφίες μοιράζονται στα τρία κάστρα του νησιού: της Χώρας με το Μέσα Βούργο, της Παληόχωρας και του Μυλοπόταμου Κάτω Χώρας. Οι περισσότερες είναι απλές μακρόστενες αίθουσες καμαροσκεπείς αλλά διαδεδομένος είναι και ο τύπος του μονόχωρου ναού με δύο κόγχες ιερού. Εξαιρετικές είναι οι τοιχογραφίες στο σπήλαιο της Αγίας Σοφίας, όπως και στον Άγιο Πέτρο Μυλοποτάμου, στην Πλατυτέρα Αγίου Βλασίου Φριλιγκιάνικων και στο αρχικό στρώμα του Αγίου Νίκωνα.