Φαινομενικά, η ιστορία της Αλχημίας είναι αρκετά σκοτεινή, εφόσον είναι μια επιστήμη χωρίς αποδεδειγμένη φανερή αξία. Αναφαίνεται ξαφνικά στους χρόνους της πτώσεως του ρωμαϊκού κράτους, τους πρωτοχριστιανικούς αιώνες, και διαμέσου μυστηρίων και συμβόλων αναπτύσσεται κατά τον ευρωπαϊκό Μεσαίωνα, χωρίς ποτέ να ξεπερνά τα όρια απόκρυφης διδασκαλίας η οποία εδιώκετο και, οι χειριστές της, επιστήμονες και φιλόσοφοι, συγχέονταν με μανιακούς και αγύρτες, κάποτε και με εγκληματίες. Οι περισσότεροι μελετητές της Αλχημίας, ως αρχαιότερες γραπτές μαρτυρίες γι’ αυτήν, δέχονται σχετικά αποσπάσματα Ελλήνων και Ρωμαίων συγγραφέων των πρωτοχριστιανικών αιώνων, όπως και τους ελληνιστικούς παπύρους της Αιγύπτου, που φυλάσσονται στη Λυών και γράφτηκαν τον 3ο και 4ο αιώνα. Ανάλογα είναι και τα αλχημικά ελληνικά χειρόγραφα που φυλάσσονται στην Εθνική Βιβλιοθήκη των Παρισίων, από την εποχή του Φραγκίσκου Α΄, καθώς και ποικιλία, ελληνικών πάλι, χειρογράφων σε περγαμηνές, του 10ου έως και 12ου αιώνα, τα οποία βρίσκονται στην Βιβλιοθήκη του Αγίου Μάρκου στη Βενετία. Τα κείμενα των περισσοτέρων συγγραφέων και οι πραγματείες που περιέχονται στα χειρόγραφα αυτά, υπάρχουν και σε παπύρους του 8ου αιώνα, γραμμένα από πολυγράφους Βυζαντινούς και Άραβες. Είναι ενδιαφέρουσα η αντιπαραβολή αυτών των κειμένων προς τα κείμενα του Πλάτωνος, του Αριστοτέλους και άλλων Ελλήνων φιλοσόφων, ακόμα και προσωκρατικών, διότι δίνει απροσδόκητες διασαφηνίσεις σχετικά με τις θεωρίες των πρώτων αλχημιστών.