Μέσα από την προϊστορική παράδοση εξηγείται το παλαιότερο ερώτημα στην ιστορία του ανθρώπου, το πρόβλημα της αρχής του κόσμου, της πρώτης Αρχής − ο όρος Αρχή, έννοια πολυσήμαντη, δηλώνει τη χρονική αρχή αλλά και την αιτία. Διερευνώνται οι απαρχές της Αλχημίας στην ποίηση, τη μαντική και τη φιλοσοφία, κυρίως στις θεογονίες και τις κοσμογονίες, αλλά και στις θεωρίες των προσωκρατικών φιλοσόφων. Γίνεται αναφορά στην πρώτη ομάδα αλχημιστών, η οποία περιλαμβάνει πρόσωπα μυθικά, θεία: τον Ερμή, την Ίσιδα και τον Αγαθοδαίμονα. Τα ονόματα αυτά συνδέονται με την Αίγυπτο, με τους λεγόμενους Γνωστικούς και τον Ποιμάνδρη.
Οι αλχημιστές στο εργαστήριό τους είχαν όλα τα στοιχεία της δημιουργίας –γη, ύδωρ, αέρα και πυρ– στην διάθεσή τους. Με έναν πολυποίκιλο εξοπλισμό από φιάλες και καμίνια, πλούτιζαν την γνώση τους στην μαγεία της χημείας με αλλεπάλληλα πειράματα, τα οποία τους έδωσαν την ευκαιρία να ερμηνεύσουν τα θαύματα που έβλεπαν, σε πολλά και διαφορετικά επίπεδα, όπως το φυσικό, το πνευματικό και το ψυχικό. Γι’ αυτούς, η επιστήμη και η θρησκεία ήταν ένα και συνόψιζαν τις ανακαλύψεις που έκαναν στα εργαστήριά τους, με σύμβολα, τα οποία ανεφέροντο στην ψυχή, το σώμα και το πνεύμα. Η σκοπιά τους ήταν καθολική. Δεν κατεκερμάτιζαν και εξειδίκευαν την γνώση τους, όπως κάνει ο σημερινός επιστήμων, αλλά έβλεπαν το σύνολο της φύσεως με ανθρώπινους όρους, σαν μια μεγάλη κοινότητα προσωπικοτήτων, οι οποίες ζούσαν, σκέπτονταν, αισθάνονταν, απολάμβαναν την ζωή και τελικά, εν γνώσει τους, πέθαιναν για να ξαναϋπάρξουν, έχοντας η καθεμία την φιλοσοφική της λίθο. Για τον κάθε αλχημιστή η λίθος του ήταν κάτι σαν το λυχνάρι του Αλαντίν: μπορούσε να μεταστοιχειώσει τα αγενή μέταλλα σε χρυσό και τους πυριτόλιθους σε πολύτιμα πετράδια, αλλά και να κάνει τα φυτά, τα άνθη και τα δέντρα να αναπτύσσονται με θαυμαστό τρόπο, να δώσει στον κάτοχό της την ικανότητα να βρίσκει χαμένα πρόσωπα και να επικοινωνεί με τα πουλιά και τα ζώα, ή να ζει άνευ τροφής και να συνομιλεί με τους αγγέλους. Κατά μία νεωτέρα παράδοση, ο Μωυσής, ο Σολομών και ο Ερμής ο Τρισμέγιστος ήσαν οι μόνοι που κατείχαν αυτή την τελευταία λίθο, διά της οποίας, εντελώς φυσικά, έκαναν αυτά που εμείς σήμερα αποκαλούμε θαύματα.