Η θεωρητικά ικανοποιητική εικόνα του προγράμματος σπουδών για φοιτητές με αρχαιολογική κατεύθυνση στο Πανεπιστήμιο της Αθήνας υπονομεύεται από μια σειρά παράγοντες. Βασικό πρόβλημα είναι ο υπερβολικά μεγάλος αριθμός των σπουδαστών που δημιουργεί ανομοιογένεια ενδιαφέροντος και επιπέδου, καθώς και αδυναμία ουσιαστικής εποπτείας από τον διδάσκοντα. Τα Τμήματα σταθερά ζητούν μειωμένους αριθμούς εισακτέων. Το δεύτερο πρόβλημα αφορά την οργάνωση της πραγματοποίησης του προγράμματος. Στο πλαίσιο ενός εξαμηνιαίου μαθήματος, προσφέρονται περισσότερα θέματα από περισσότερους διδάσκοντες και ο φοιτητής έχει να επιλέξει ένα από αυτά. Ωστόσο, αυτή η ελευθερία επιλογής οδηγεί στην πραγματοποίηση ενός τυχαίου προγράμματος που δεν περιλαμβάνει ενημέρωση σε βασικούς τομείς της επιστήμης.
Τρίτο πρόβλημα προκαλεί η νοοτροπία του ενός, ελληνικού «συγγράμματος» που, στον αντίποδα της κριτικής ενημέρωσης μέσα από τη διεθνή βιβλιογραφία, δημιουργεί εθισμό στην εκμάθηση μιας έτοιμης γνώσης.
Ο χωρισμός των Τμημάτων της παλαιάς Φιλοσοφικής Σχολής πρόσθεσε ένα τέταρτο πρόβλημα. Η μείωση της φιλολογικής παιδείας προς όφελος της ιστορικής-αρχαιολογικής ειδίκευσης στερεί τους αρχαιολόγους από την απαραίτητη άμεση γνώση της γραπτής παράδοσης και της σκέψης του κόσμου που μελετούν.
Όλα τα παραπάνω προβλήματα σε συνδυασμό αποτυπώνονται στο πτυχίο που παίρνουν οι σπουδαστές.
Από το 1988 το Πανεπιστήμιο Αθηνών παρέχει μεταπτυχιακές αρχαιολογικές σπουδές που αρθρώνονται σε δύο κύκλους: ο πρώτος είναι διετής και καταλήγει στην απόκτηση διπλώματος αντίστοιχου με το master, ο δεύτερος είναι αφιερωμένος στην εκπόνηση διατριβής. Οι σπουδές αυτές προσφέρουν τη δυνατότητα πλήρους υπέρβασης των υφισταμένων αδυναμιών του προπτυχιακού προγράμματος.