Γιος του πατέρα, ο Απόλλωνας κυριάρχησε στους Δελφούς εκθρονίζοντας τη Γη από το μαντείο της και φονεύοντας το φύλακά του Πύθωνα που έμεινε να σαπίζει. Από το ρήμα «πύθω» (σαπίζω), ο Απόλλωνας ονομάστηκε Πύθιος και ο τόπος Πυθώ. Σε ανάμνηση αυτής της νίκης γιορτάζονταν τα Σεπτήρια. Το κατοπινό όνομα Δελφοί ετυμολογείται από το «δελφύς», που σημαίνει τη μήτρα, το κοίλον. Παλαιότατη μάντισσα ήταν η μυθική Σίβυλλα και αργότερα η Ηροφίλη. Στα νεολιθικά χρόνια, οι δράκοντες Πύθωνας και Δελφίνη λατρεύονταν στο Κωρύκιον άντρο του Παρνασσού, όπου λειτούργησε το πρώτο μαντείο. Όταν η φήμη των Δελφών το επισκίασε, στο άντρο επικράτησε η λατρεία του Πάνα και των Νυμφών ενώ, αργότερα, γιορτάζονταν με μαιναδικά όργια τα Δαδοφόρια για τη γέννηση του Διονύσου.
Η Πυθία χρησμοδοτούσε αρχικά μια φορά το χρόνο, στις 7 του μηνός Βυσσίου, γενέθλια μέρα του Απόλλωνα, και αργότερα στις 7 κάθε μηνός, με εξαίρεση τους τρεις μήνες που ο Απόλλωνας έφευγε για καθαρμό στα Τέμπη και ο Διόνυσος γινόταν κυρίαρχος του Ιερού. Τους διφορούμενους χρησμούς που έδωσαν στον Απόλλωνα το προσωνύμιο Λοξίας κατασκεύαζαν μάλλον οι ιερείς, δεδομένου ότι η μεγάλης ηλικίας Πυθία ήταν αμόρφωτη. Τον Απόλλωνα τιμούσαν με τα Πύθια, τα Δελφίνεια, τα Θαργήλεια, τα Θεοφάνια και τα Σεπτήρια. Προς τιμήν του Διονύσου γινόταν ο Λικνίτης, η Χάριλα, η Ηρωίς, τα Δαδοφόρια, τα Ευμένια, τα Σωτήρια και τα Ελαφηβόλια.
Με τον ΟΗΕ συγκρίνουν ορισμένοι το θεσμό της Αμφικτυονίας, μιας ένωσης 12 φυλετικών ομάδων που από θρησκευτική εξελίχθηκε σε πολιτική. Μετά τον Α΄ Ιερό πόλεμο, η Αμφικτυονία ανέλαβε τον έλεγχο του Ιερού.