Το Ανθρωπολογικό Μουσείο, από τα πρώτα στην Ευρώπη, ιδρύθηκε το 1886 από τον Κλων Στέφανο. Μετά από βίο περιπετειώδη λόγω συνεχών μεταστεγάσεων, τώρα στεγάζεται παραγκωνισμένο στο ισόγειο του κτιρίου της έδρας Ιστολογίας και Βιολογίας. Σπουδαίας σημασίας αποκτήματα είναι οι σιδηρόδετοι σκελετοί του Π. Φαλήρου, οστά από την προϊστορική Ασίκη, από τον Άγιο Κοσμά Αττικής και σκελετοί από την Κεφαλονιά και τη Θέρμη, τη Μυτιλήνη και την Κρήτη. Πολύτιμες δωρεές (Butot, Reinach) δημιούργησαν μια ολοκληρωμένη εικόνα εξέλιξης από τη Νεολιθική εποχή ως την εποχή του Σιδήρου. Μεγάλες προϊστορικές συλλογές παραχώρησε και ο καθηγητής Μ. Μητσόπουλος, ενώ ο Α. Μάρκοβιτς κληροδότησε ευρήματα από ανασκαφές σπηλαίων.