Επτά οικισμοί στην πεδινή περιοχή στα ΝΑ της Κομοτηνής ανήκουν στη Νεολιθική (3η χιλιετία π.Χ.) και την Πρωτοχαλκή (2η χιλιετία π.Χ.) περίοδο. Ο Όμηρος εμφανίζει τους Θράκες Κίκονες να πολεμούν γενναία στο πλευρό των Τρώων και αναφέρει τη Μαρώνεια ως την πατρίδα του ιερέα του Απόλλωνα Μάρωνα. Στα ακρογιάλια της, για να ξεφύγει από τη σπηλιά του Κύκλωπα ο Οδυσσέας τον μεθάει με μαρωνίτικο κρασί.
Τη Μαρώνεια ιδρύουν στο α΄ μισό του 7ου αιώνα π.Χ. άποικοι από τη Χίο. Στοιχεία για τη ζωή στα αρχαϊκά χρόνια δεν υπάρχουν. Τον 4ο αιώνα, εποχή της μεγάλης ακμής, δημιουργείται τεχνητό λιμάνι ενώ μακρύ τείχος προστατεύει την πόλη. Ο Φίλιππος Β΄ προσαρτά τη Μαρώνεια το 350 π.Χ. τερματίζοντας την κυκλοφορία των ανεξάρτητων νομισμάτων πού έκοβε στο α΄ μισό του 4ου αιώνα π.Χ. Σειρά από 28 τέτοια ασημένια τετράδραχμα εκτίθενται στο Νομισματικό Μουσείο. Από την πόλη του 4ου και 3ου αιώνα π.Χ. οι ανασκαφές αποκάλυψαν ένα ελληνιστικό θέατρο που έχει υποστεί ρωμαϊκή μετασκευή, ένα ιερό που βάσει των επιγραφών αποδίδεται στον Διόνυσο και κατοικίες που προδίδουν πολυτέλεια και άνεση. Για τη λατρεία του Απόλλωνα μαρτυρεί ο Όμηρος και για τη λατρεία του Διόνυσου η εικόνα του θεού και το σύμβολό του, το σταφύλι, πάνω στα νομίσματα. Αργότερα προστέθηκε η λατρεία του μυθικού οικιστή Μάρωνα. Οι επιγραφές μαρτυρούν και λατρεία του Δία, του Ποσειδώνα, του Ερμή και του Ασκληπιού. Στους ελληνιστικούς χρόνους εισάγονται αιγύπτιοι θεοί και στους ρωμαϊκούς η λατρεία της Ρώμης. Το πολίτευμα ήταν δημοκρατικό, υπήρχε Βουλή, Δήμος και Γερουσία, ενώ οι απόγονοι των οικιστών αποτελούσαν την αριστοκρατική τάξη. Γύρω στο 148 π.Χ. η Μαρώνεια θέτει σε κυκλοφορία αργυρά τετράδραχμα που μαζί με τα παρόμοια θασίτικα είναι τα κυριότερα νομίσματα της Θράκης. Στα βυζαντινά χρόνια η Μαρώνεια είναι έδρα επισκόπου. Στην παραλία Άγιος Χαράλαμπος σώζονται ερείπια παλαιοχριστιανικής βασιλικής με ψηφιδωτό δάπεδο, θεμέλια βυζαντινής εκκλησίας και κτιρίων κ.ά.