Τη δημιουργία του Μουσείου επέβαλαν τα πλούσια ευρήματα από τα ιερά και τις λατρείες του Δίου που αποκαλύφθηκαν στο ιερό κέντρο των αρχαίων Μακεδόνων τη δεκαετία του 70. Στον λατρευτικό χώρο των μεγάλων δημόσιων λουτρών (Θέρμες) βρέθηκε σύνολο αγαλμάτων που εικονίζει τους Ασκληπιάδες. Από το Τέμενος της Ίσιδος ξεχωρίζουν τα λατρευτικά αγάλματα της Υπολιμπιδίας Αφροδίτης και της Ίσιδος Τύχης. Γλυπτά, πήλινα ειδώλια, αγγεία, επιγραφές, κοσμήματα βρέθηκαν στο Ιερό της Δήμητρας, όπου η λατρεία της θεάς ανάγεται στα τέλη του 6ου αιώνα π.Χ. Η έκθεση περιλαμβάνει ευρήματα από τα Ιερά του Ασκληπιού, του Διονύσου και προ παντός του Ολυμπίου Διός, ταφικά μνημεία και κτερίσματα, νομίσματα, κ.ά.