Το σπίτι του Κλεάνθη και του Schaubert στους πρόποδες της Ακρόπολης, σύμφωνα με εκτιμήσεις του 1833 ήταν από τα ακριβότερα της Αθήνας. Ανάμεσα στο 1833 και το 1837, ο Κλεάνθης αγόρασε από τον Schaubert το μερίδιό του. Το σπίτι είχε δύο πηγάδια και δέκα λάκκους, δηλαδή δέκα πελώρια πιθάρια λαδιού χωμένα στη γη με το στόμιό τους στο επίπεδο του εδάφους.
Με τη μεταφορά της πρωτεύουσας από το Ναύπλιο στην Αθήνα το 1834 αρχίζει ο συγκεντρωτισμός. Το1835 μεταφέρεται το Κεντρικό Σχολείο της Αίγινας και μετονομάζεται σε «Γυμνάσιον». Πρώτος Γυμνασιάρχης ο Γεώργιος Γεννάδιος. Το Γυμνάσιον στεγάζεται στην οικία Κλεάνθη αλλά σύντομα ο χώρος της δεν επαρκεί. Η οικία Κλεάνθη προκρίνεται για τη στέγαση του «Πανεπιστημίου του Όθωνα» που εγκαινιάζεται στις 3 Μαΐου του 1837. Από τα εγκαίνια δεν έλειψαν τα κωμικά στοιχεία. Την πρώτη διάλεξη έδωσε ο Λουδοβίκος Ρος με θέμα τον Αριστοφάνη. Το 1839 θεμελιώνεται το νέο Πανεπιστήμιο που σχεδίασε ο Chr. Hansen. Το 1841 εκκενώνεται η οικία Κλεάνθη, αμέσως όμως μισθώνεται από τη Γραμματεία της Παιδείας. Ωστόσο, το 1845 γίνεται αναγκαστική κατάσχεση του παλαιού Πανεπιστημίου που ο Κλεάνθης είχε υποθηκεύσει έναντι δανείου. Από το κείμενο της κατάσχεσης που τελικά δεν υλοποιήθηκε, προέρχεται η παλαιότερη και λεπτομερέστερη περιγραφή της οικίας. Ένα χρόνο πριν πεθάνει, το 1861, ο Κλεάνθης πούλησε το σπίτι σε ιδιώτη που το αφιέρωσε στο μετόχι του Παναγίου Τάφου. Η Αρχαιολογική Υπηρεσία το απαλλοτρίωσε το 1963. Το 1967 την κυριότητα αποκτά το Πανεπιστήμιο. Οι εργασίες συντήρησης διήρκεσαν από το 1975 ως το 1984.