Η Θάσος και η Σαμοθράκη υπήρξαν οι γέφυρες επικοινωνίας με τη χώρα των Θρακών. Στα τέλη του 8ου ή στις αρχές του 7ου αιώνα π.Χ. πάριοι άποικοι αποβιβάστηκαν στη Θάσο. Το 654 π.Χ. μετανάστες από την Άνδρο ιδρύουν την Άργιλο στον κόλπο του Στρυμόνα και μια σειρά από αποικίες στη Χαλκιδική. Γύρω στα 660-650 π.Χ., τα μεταλλεία του Παγγαίου παρακινούν χίλιους νέους μετανάστες από την Πάρο, μαζί και Έλληνες της Θάσου, να περάσουν απέναντι, στην Περαία.
Στη θασιακή Περαία, με μήκος 110 χλμ., οι Έλληνες ίδρυσαν νέες αποικίες ή «εμπόρια». Από τις αρχαιότερες πόλεις ήταν η Γαληψός, η Οισύμη, η Στρύμη, η Νεάπολη, η Δάτος και η Σκαπτή Ύλη. Ανατολικά της Σκαπτής Ύλης ιδρύθηκε ο εμπορικός σταθμός της Στρύμης. Λίγο αργότερα οι Θάσιοι ίδρυσαν στην Περαία και άλλα «εμπόρια», την Απολλωνία, την Αντισάρα, το Ακόντισμα και την Πίστυρο και, το 360/359 π.Χ., ίδρυσαν τις Κρηνίδες στην πεδιάδα των Φιλίππων με τα κοιτάσματα χρυσού. Στο νέο νομισματοκοπείο των Κρηνίδων οι Θάσιοι έκοβαν νομίσματα με την επιγραφή «ΘΑΣΙΟΝ ΗΠΕΙΡΟ».
Στο Αηδονοχώρι του νομού Σερρών αποκαλύφθηκαν νεκροταφείο, ιερό και οικίες που αποδίδονται στην αρχαία Τράγιλο. Στο ακρωτήριο Μπουλούστρα, στο δυτικό άκρο του Πόρτο-Λάγος, Μικρασιάτες άποικοι ίδρυσαν τα Άβδηρα. Ανάμεσα στα Άβδηρα και τη Στρύμη, στο ΝΑ άκρο της Βιστονίδας, τοποθετείται μια άλλη αποικία, γνωστή ως «Δίκαια παρ’ Άβδερα». Βάσει των ευρημάτων υποστηρίζεται η εκδοχή ότι την αποίκισαν Ίωνες, ενώ τα ωραιότατα νομίσματά της τη σχετίζουν με τη Σάμο. Άποικοι από τη Χίο ίδρυσαν στο πρώτο μισό του 7ου αιώνα π.Χ. τη Μαρώνεια. Μεταξύ Μαρώνειας και Μεσημβρίας πρέπει να βρισκόταν η Ορθαγορία.
Στη Σαμοθράκη τώρα, γύρω στα 700 π.Χ. εγκαταστάθηκαν Σάμιοι ιωνικής καταγωγής και Μικρασιάτες με αιολική προέλευση από την περιοχή της Τρωάδας. Στο νησί κατοικούσαν ήδη προελληνικά φύλα και το θρακικό φύλο των Σαΐων. Στη θέση της αποικίας υπήρχε προελληνικό ιερό των Μεγάλων Θεών με μυστηριακή λατρεία που χρησιμοποιούσε γλώσσα μη ελληνική. Η ομάδα των Μεγάλων Θεών περιλάμβανε τη γυναικεία θεότητα που ονομαζόταν Αξίερος, τον Κάδμιλο, τους Καβείρους, και τους θεούς του Κάτω Κόσμου Αξιόκερσο και Αξιόκερσα. Οι λατρευτικές ανάγκες καθόρισαν τη χρήση των κτισμάτων: το Ανάκτορο, το Τέμενος όπου ο Σκόπας είχε φιλοτεχνήσει μαρμάρινο σύμπλεγμα Αφροδίτης και Έρωτα, το Ιερόν, το Αρσινόειο, η μεγαλύτερη γνωστή θόλος. Σε υπαίθρια μνημειακή κρήνη είχε στηθεί το άγαλμα της Νίκης, όρθιας στην πλώρη ενός πλοίου.
Μια σαμοθρακική Περαία δημιουργήθηκε στα θρακικά παράλια ανάμεσα στο όρος Ίσμαρος και τις εκβολές του Έβρου. Μας παραδίδονται τα εξής ονόματα: Μεσημβρία, Σάλη, Ζώνη, Δρυς, Τέμπυρα και Χαράκωμα. Φαίνεται ότι η Περαία ή τμήμα της αφιερώθηκε ως ιερό τέμενος στους θεούς της Σαμοθράκης. Η Αίνος κτίστηκε στις εκβολές του Έβρου και η ζωή σε αυτήν συνεχίστηκε αδιάλειπτη. Το γεγονός ότι από τα μέλη της Α΄ Αθηναϊκής Συμμαχίας πλήρωνε τον μεγαλύτερο φόρο μαρτυρεί την οικονομική της άνθηση. Ιδρύθηκε το αργότερο στο β΄ μισό του 6ου αιώνα π.Χ. μάλλον από Αιολείς από την Αλωπεκόνησο και αργότερα από Μυτιληναίους και Κυμαίους. Οι ελληνικές αποικίες της Θράκης αν και ιδρύθηκαν ως «εμπόρια» άσκησαν ισχυρή επιρροή στους Θράκες και σταδιακά τους εξελλήνισαν.