Ο συνοικισμός της Τρυπητής στη Νότια Κεντρική Κρήτη κτίστηκε βάσει κάποιου σχεδίου στην κορυφή ενός βραχώδους υψώματος και διαιρέθηκε σε δύο άνισα μέρη με φαρδύ κεντρικό δρόμο, στον οποίο άνοιγαν όλα τα σπίτια του οικισμού και των δύο συνοικιών. Τα σπίτια έχουν τοίχους ευθύγραμμους, κτισμένους με σχιστολιθικές και ασβεστολιθικές πέτρες και πολλή λάσπη. Είναι ισόγεια, με δωμάτια τετράγωνα ή ορθογώνια και κάποια άλλα χαμηλοτάβανα με μεσοπάτωμα και είσοδο από πάνω. Η βόρεια συνοικία περιλαμβάνει τρία αυτοτελή σπίτια που εφάπτονται με διπλοτοιχίες και όχι με μεσοτοιχίες. Στο καλύτερα διατηρημένο σπίτι βρέθηκε μια σειρά ακέραιες πρόχοι του ρυθμού του Αγίου Ονούφριου. Σε σπίτια της νότιας συνοικίας βρέθηκαν κεντρικοί τετράγωνοι πεσσοί που στήριζαν την οροφή και στους οποίους μάλλον αποδιδόταν κάποιο είδος λατρείας, αφού μπροστά σε δύο από αυτούς βρέθηκαν εστίες.
Για την καθημερινή ζωή μάς πληροφορεί πλήθος από λίθινα εργαλεία κάθε χρήσης, καθώς και μικρολιθικές αιχμές. Πέρα από τις μυλόπετρες και τους τριπτήρες, βρέθηκαν σημαντικές ποσότητες δημητριακών και οσπρίων που βεβαιώνουν μια γεωργική κοινότητα. Οι κάτοικοι όμως υπήρξαν κτηνοτρόφοι και κυνηγοί που συμπλήρωναν τη διατροφή τους με πολλά ψάρια κι άλλα θαλασσινά όστρεα. Οι πορφύρες σε μεγάλες ποσότητες μαρτυρούν τη χρήση βαφής. Από τα πήλινα αγγεία των οικοσκευών τα πιο κοινά είναι οι πρόχοι, οι βαθιοί σκύφοι, οι κάδοι, οι λεκανίδες, τα κύπελλα με και χωρίς λαβή, οι χύτρες και τα μικρά πιθάρια.
Ο θολωτός κυκλικός τάφος, σύγχρονος του οικισμού και μόλις 200 μ. νότιά του, έδωσε κεραμική που χρονολογείται στην περίοδο 2800-2000 π.Χ. Τα κτερίσματα περιλαμβάνουν περιδέραιο με χάντρες από στεατίτη και τρία ασημένια κοσμήματα.