Ο Κωνσταντίνος Δημ. Σχινάς, Υπουργός «επί των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως», υπογράφει τον Ιούλιο του 1834 την «Δηλοποίησιν», μια γνωστοποίηση για την απώλεια αρχαιοτήτων από το Εθνικό Μουσείο κατά το διάστημα που έφορος και διευθυντής ήταν ο Ανδρέας Μουστοξύδης. Με την κίνηση αυτή ολοκληρώνεται η πολιτική δίωξη του Κερκυραίου λόγιου που είχε δρομολογηθεί ήδη από το Μάρτιο του 1832.
Ο Μουστοξύδης, ύστερα από πρόσκληση του Κυβερνήτη, φθάνει στην Αίγινα τον Οκτώβριο του 1929. Οργανώνει την εθνική παιδεία και συνδέει το όνομά του με την ίδρυση της Βιβλιοθήκης και του Εθνικού Αρχαιολογικού Μουσείου. Η ευρυμάθεια και το πολυσχιδές των ενδιαφερόντων του συμπεριλάμβαναν και την αρχαιολογία.
Η άκομψη αποπομπή από το αξίωμά του το Μάρτιο του 1832 έχει την «πρωτιά» της πολιτικής δίωξης λόγιου άνδρα στο νεοελληνικό κράτος εξαιτίας του πολιτικού του φρονήματος και των διασυνδέσεών του με έναν πολιτικό ηγέτη και το κόμμα του. Οι φήμες ότι ο Αυγουστίνος Καποδίστριας ετοιμαζόταν να εγκαταλείψει την Ελλάδα δημιούργησαν στους Αιγινήτες έντονες υποψίες ότι και ο άλλος Κερκυραίος θα αναχωρούσε συναποκομίζοντας πλήθος αρχαιοτήτων από το μουσείο.
Το 1845 ο Κωλέττης θα καλέσει τον Μουστοξύδη στην Ελλάδα: «και ως διευθυντής των αρχαιοτήτων και ως καθηγητής λατινικής και ιταλικής φιλολογίας και ως πολλά άλλα επιτηδευόμενος δύνασαι τα μέγιστα να ωφελήσης την κοινήν Πατρίδα». Ίσως τα λόγια του Κωλέττη να δείχνουν μεταμέλεια και διάθεση πολιτικής συγγνώμης, ο Μαυροκορδάτος πάντως δεν ενέδωσε.