Το 1829, ένα χρόνο μετά την ανάληψη των καθηκόντων του, ο Καποδίστριας διορίζει τον Ανδρέα Μουστοξύδη διευθυντή ενός ανύπαρκτου Εθνικού Μουσείου με σκόρπιες αρχαιότητες που φιλοξενούνταν στο Ορφανοτροφείο της Αίγινας. Τον Μουστοξύδη θα αντικαταστήσει ο ζωγράφος Αθανάσιος Ιατρίδης. Το 1834 στην Αθήνα, ο Ιατρίδης γίνεται βοηθός του πρώτου Έλληνα έφορου αρχαιοτήτων, Κυριάκου Πιττάκη. Με νόμο του 1834, που εκπονήθηκε από Βαυαρούς βάσει της νομοθεσίας του Παπικού Κράτους για τα αρχαία της Ρώμης, γεννιέται η Αρχαιολογική Υπηρεσία. Προϊστάμενος διορίζεται ο Βαυαρός αρχιτέκτων Βάισενμπεργκ. Θα τον αντικαταστήσει ο Ρος με υφισταμένους τον Πιττάκη και τον Ιατρίδη. Το εμβληματικό μνημείο της Ακρόπολης περιέρχεται στη δικαιοδοσία της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας τον Μάρτιο του 1835. Ο Πιττάκης συγκεντρώνει με έρανο τα χρήματα για την πρώτη ανασκαφή τον Απρίλιο του 1833. Τη διαμόρφωση του Ιερού Βράχου επηρέασε ο αρχιτέκτονας Leo von Klenze που υπέδειξε στο βασιλιά την κατεδάφιση μεσαιωνικών και τουρκικών κτισμάτων, την αναστήλωση του Παρθενώνα και την ίδρυση μουσείου πάνω στην Ακρόπολη. Ο Ρος, ο Eduard Schaubert και ο Hansen ανέλαβαν την αναστήλωση του ναού της Αθηνάς Νίκης. Το 1835 ο Ρος καθιερώνει τα πρώτα εισιτήρια εισόδου στην Ακρόπολη. Την ίδια χρονιά, εκδίδεται το τετράτομο έργο του William Martin Leake, Travels in Northern Greece. Το 1836, με την παραίτηση του Ρος από τη θέση του Γενικού Εφόρου, σβήνει η ευρωπαϊκή αυγή της ελληνικής αρχαιολογίας. Τον Ρος διαδέχεται ο Πιττάκης, «ο πρώτος Έλληνας αρχαιολόγος». Στις 6 Ιανουαρίου 1837 ιδρύεται η Αρχαιολογική Εταιρεία. Τον Οκτώβριο του 1837 κυκλοφορεί το πρώτο τεύχος της Εφημερίδος Αρχαιολογικής. Στο πρώτο μουσείο της (1847), η Αρχαιολογική Εταιρεία τοποθετεί τα εκμαγεία των μαρμάρων του Παρθενώνα που ήρθαν από την Αγγλία έχοντας έτσι «αντί της αληθείας τουλάχιστον τας σκιάς». Ενώ από το 1845 αρχιτέκτονες της Σχολής της Ρώμης έρχονταν στην Αθήνα, αξιόλογα ελληνικά αρχαιολογικά σχέδια έφτιαξε πρώτος ο αρχιτέκτονας Παναγής Κάλκος με αφορμή συλλογική έκθεση για το Ερέχθειο (1853). Από τα μέσα του αιώνα αρχίζει η ίδρυση των ξένων αρχαιολογικών σχολών με πρώτη τη γαλλική.
Τον Πιττάκη διαδέχεται ο Παναγιώτης Ευστρατιάδης που, το 1866, προσλαμβάνει ως βοηθό τον Παναγιώτη Σταματάκη. Η αποκαλούμενη «ηρωική εποχή της ελληνικής αρχαιολογίας» λήγει με το θάνατο του Σταματάκη το 1885.
Με τον Κουμανούδη γραμματέα της Αρχαιολογικής Εταιρείας (1859) αρχίζει η άνοιξη της ελληνικής αρχαιολογίας που συγκεντρώνει ανθρώπους νέους, σπουδαγμένους, γλωσσομαθείς, στραμμένους προς την Ευρώπη.