Τα εκθέματα του Μουσείου, κατά κύριο λόγο γλυπτά και κεραμική, αντιπροσωπευτικά της ιστορίας αλλά και του πληθυσμού της πόλης, προέρχονται από τον Πειραιά και τα νησιά του Αργοσαρωνικού. Μοναδικής σημασίας είναι τα ειδώλια του μινωικού ιερού κορυφής των Κυθήρων και του μυκηναϊκού ιερού των Μεθάνων, το έμβολο μιας τριήρους και το αγορανομικό ανάγλυφο της Σαλαμίνας, τα μουσικά όργανα από τον τάφο του ποιητή της Δάφνης, ο μοναδικός στον κόσμο αρχαϊκός κούρος-Απόλλων και το ταφικό μνημείο της Καλλιθέας