Η σημασία του ανακτόρου Ζάκρου, μικρότερου από τα ανάκτορα της Κνωσού, της Φαιστού και των Μαλίων, έγκειται τόσο στην καλή του διατήρηση όσο και στην εκτεταμένη αποκάλυψη της πόλης που το περιέβαλλε. Ωστόσο, συνολική έρευνα πεδίου δεν έχει γίνει στην περιοχή.
Στο πλαίσιο του ερευνητικού προγράμματος «Μινωικοί Δρόμοι» με αντικείμενο τις χερσαίες επικοινωνίες στην πρωτοϊστορική Κρήτη και το ρόλο που αυτές έπαιξαν στο πλαίσιο της οργάνωσης και της ζωής του μινωικού κόσμου, το νοτιοανατολικό άκρο του νησιού, με επίκεντρα το ανάκτορο Ζάκρου και τη λιμενική πόλη του Παλαικάστρου, ορίστηκε ως περιοχή-πιλότος. Η μελέτη των δικτύων επικοινωνίας δεν μπορούσε να αρκεστεί στη διερεύνηση του οδικού συστήματος και των κτισμάτων που το εξυπηρετούσαν (σταθμοί, φυλάκια). Χρειαζόταν επίσης να γίνει αντιληπτή η στάση των ανθρώπων απέναντι στο περιβάλλον τους: επιλογή θέσης κατοίκησης, εκμετάλλευση φυσικών πόρων, άμυνα και προστασία εγκαταστάσεων, επικοινωνιών κ.ά. Η περιοχή που επελέγη δεν απέδωσε μόνο πληθώρα και ποικιλία αρχαιολογικών καταλοίπων αλλά τα στοιχεία αυτά τις περισσότερες φορές είναι άριστα διατηρημένα χάρη στην περιορισμένη κατοίκηση από το Μεσαίωνα έως σήμερα, την απουσία εντατικής καλλιέργειας με μηχανικά μέσα και την άναρχη τουριστική ανάπτυξη. Εντοπίστηκαν ίχνη της Υπονεολιθικής – Πρωτομινωικής περιόδου, ενώ πολλά και σημαντικά ήταν τα μινωικά ευρήματα από την Παλαιοανακτορική, Νεοανακτορική και Μετανακτορική περίοδο. Οι τρεις οικισμοί των «σκοτεινών» αιώνων είχαν καταφύγει στη ζώνη του φαραγγιού των Νεκρών. Στους ιστορικούς χρόνους φαίνεται ότι ο όρμος εγκαταλείφθηκε και η κατοίκηση μεταφέρθηκε στον Ξηρόκαμπο, στην Πάνω Ζάκρο και στις Καρούμες.