Ο Κότζινος, σημερινός Κότσινας, είναι στη μεσοβυζαντινή περίοδο το μεγαλύτερο και ασφαλέστερο λιμάνι της Λήμνου. Ως «τόπος» μαρτυρείται το 1136. Οι Μονές του Αγίου Όρους με μετόχια που καταλαμβάνουν τις ευφορότερες εκτάσεις του νησιού έχουν στραμμένο το μάτι τους πάνω του. Το 1403 η Λήμνος παραχωρείται στον Ιωάννη Ζ΄ Παλαιολόγο. Μετά το θάνατό του, ο Κότζινος παραμένει στη χήρα του Ευγενία, για να καταλήξει το 1440 στην οικογένειά της, τους γενοβέζους Γατελούζους. Το 1479 η Λήμνος εκχωρείται από τους Βενετούς στους Τούρκους. Ανάμεσα στο 1403 και το 1479,το στρατηγικής σημασίας νησί διεκδικούν Τούρκοι και Βενετοί. Με τη μοίρα του νησιού συνδέθηκαν δύο ακόμη Παλαιολόγοι, ο Κωνσταντίνος, που το 1442 απώθησε τους Τούρκους, και ο δεσπότης του Μορέα Δημήτριος. Στο αρχαιολογικό μουσείο της Λήμνου φυλάσσεται μαρμάρινο αρχιτεκτονικό μέλος από τον Κότζινο με μονογράφημα που πιθανότατα αναφέρεται στον Δημήτριο Παλαιολόγο. Ήδη από τον 16ο αιώνα το φρούριο του Κότζινου ήταν ακατοίκητο. Στο εσωτερικό του φρουρίου, από όπου ξεκινούν τα 64 σκαλοπάτια που πραγματοποιούν την κάθοδο προς το «αγίασμα», στρωματογραφική ανασκαφική έρευνα απέδωσε ελάχιστα κεραμικά δείγματα. Αυτά διακρίνονται σε δυο ομάδες: η πρώτη χρησιμοποιεί την τεχνική της εγχάραξης, λεπτής (sgraffito) και φαρδιάς (incision). Στα διακοσμητικά της θέματα συγκαταλέγονται ομόκεντροι κύκλοι, γοργόνα και άγγελος (;). Στη δεύτερη ομάδα, χρησιμοποιούνται δύο τεχνικές, γραπτή και εγχάρακτη. Οι πιτσιλιές είναι σκουροπράσινες και το γέμισμα της χάραξης καφετί. Και οι δυο ομάδες έχουν εφυάλωση πράσινη και κίτρινη. Χρονολογούνται στα τέλη του 15ου με τις αρχές του 16ου αιώνα. Πήλινος τριποδίσκος προσδιορίζει υστεροβυζαντινό εργαστήρι κεραμικής.