Με έτος ίδρυσης το 290 π.Χ. και αφιερωμένο στις Μούσες, το Μουσείον της Αλεξάνδρειας με τη Βιβλιοθήκη του αναδείχθηκε στο μεγαλύτερο ερευνητικό και πολιτιστικό κέντρο της εποχής του. Ωστόσο, η γενεαλογία του μουσείου εντοπίζεται στην αναγεννησιακή Ιταλία όπου, για πρώτη φορά, ο όρος μουσείο περιγράφει τη συλλογή του Λαυρέντιου των Μεδίκων. Ξεπερνώντας τις ιδιωτικές συλλογές, δύο πανεπιστημιακά μουσεία ιδρύονται στα τέλη του 17ου αιώνα στη Βασιλεία και την Οξφόρδη. Το δημόσιο μουσείο καθιερώνεται με την ίδρυση του Βρετανικού Μουσείου το 1753 και του Λούβρου το 1793. Γνήσιο παιδί του Διαφωτισμού, το Λούβρο έχει ελεύθερη είσοδο, παρέχει μικρό οδηγό στους επισκέπτες και συνοδεύει τους πίνακες, ταξινομημένους κατά σχολή, με επεξηγηματικές λεζάντες. Ευρωπαϊκές βασιλικές οικογένειες ανοίγουν τις συλλογές τους στο κοινό, δημιουργώντας μουσεία όπως το Πράντο ή το Ερμιτάζ. Στις αρχές του 19ου αιώνα, τα μουσεία έχουν ήδη συνδεθεί με το ζήτημα της εθνικής ταυτότητας. Ο 20ός αιώνας διακρίνεται από την έμφαση στο πρόσφατο παρελθόν που εκδηλώνεται στα λαογραφικά μουσεία (υπαίθρια και οικομουσεία) και στα μουσεία προβιομηχανικής ιστορίας.
Στην Ελλάδα, τα μουσεία είναι εξαρχής δημόσια και αναπόφευκτα συνδέονται με τις αρχαιότητες. Ο Καποδίστριας ιδρύει το 1829 το πρώτο μουσείο στην Αίγινα. Το 1834, το Θησείο ορίζεται ως «Κεντρικόν Αρχαιολογικόν Μουσείον» και συνεχίζει να λειτουργεί ως το 1935. Πρώτο στην Ελλάδα χτίστηκε το Μουσείο της Ακρόπολης (1864-74), πρωτοπόρο και στην έκδοση μουσειακών οδηγών. Το Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο, που τελικά θεμελιώθηκε το 1866 σε οικόπεδο που δώρησε η Ελένη Τοσίτσα, ολοκληρώθηκε από τον Τσίλλερ το 1899. Ανοιχτό καθημερινά πρωί και απόγευμα, το μουσείο είχε επώνυμες αίθουσες, προθήκες με τίτλους και λεζάντες σε πολλά εκθέματα. Ακολούθησε το μουσείο της Σπάρτης και της Ολυμπίας, τα έξοδα κατασκευής του οποίου καλύφθηκαν από τον Ανδρέα Συγγρό. Στο τέλος του 19ου αιώνα χτίζονται μουσεία στο Αμφιαράειο, το Σχηματάρι, την Ελευσίνα και την Επίδαυρο. Τον 20ό αιώνα ιδρύεται το Βυζαντινό Μουσείο της Αθήνας (1914), το Μουσείο Ελληνικής Λαϊκής Τέχνης (1918), το Μουσείο Μπενάκη (1930). Μετά το 1960 χτίζονται πολλά νέα κτίρια και, ιδίως μετά το 1970, ιδρύονται λαογραφικά μουσεία απ’ άκρου σ’ άκρο. Το Βυζαντινό Μουσείο Θεσσαλονίκης ιδρύεται το 1994 και, το 1976, στεγάζεται η Εθνική Πινακοθήκη που είχε ιδρυθεί το 1900. Οι σύγχρονες τάσεις χαρακτηρίζονται από την ανάπτυξη της ιδιωτικής πρωτοβουλίας, το «άνοιγμα» προς το κοινό, τον εκσυγχρονισμό των μουσείων μέσω της ηλεκτρονικής τεκμηρίωσης των συλλογών τους και, θετικότερο απ‘ όλα, την καθιέρωση κρατικής μουσειακής πολιτικής.