Τα νερά που σκεπάζουν ένα ναυάγιο καθορίζουν και την επιβίωσή του. Οι ζωντανοί μικροοργανισμοί, το σκουλήκι, η ναυτική τερηδόνα και άλλοι, κατατρώνε και αποσαθρώνουν το ξύλο. Η θερμότητα της θάλασσας είναι καταστροφική, το ίδιο και η αλμύρα της. Ναυάγια στη Βαλτική, που η αλατότητα των νερών της είναι μισή από αυτή της Μεσογείου, διατηρούνται καλύτερα. Ο καθοριστικός παράγοντας όμως είναι το είδος του βυθού που θα βρεθεί το καράβι όταν βουλιάξει. Η προστατευτική δράση της λάσπης του βυθού διατηρεί συνήθως τη μία πλευρά του καραβιού, εκείνη που σκεπάζεται από το φορτίο και βυθίζεται λόγω βάρους. Άπαξ και το ναυάγιο έχει ολοκληρωτικά θαφτεί, λίγη διαφορά για τη διατήρησή του κάνουν τα εκατό ή τα χίλια χρόνια. Πέρα από το ξύλο, τα μέταλλα, εκτός από το χρυσό και το μολύβι, υφίστανται φθορές, όπως και τα μάρμαρα. Τα μάρμαρα από το ναυάγιο των Αντικυθήρων παρέμειναν άθικτα εκεί όπου ήταν χωμένα στη λάσπη ενώ παραμορφώθηκαν εντελώς στην εκτεθειμένη τους επιφάνεια. Υπόδειγμα συντήρησης και αναστήλωσης από τον αμερικανό υποβρύχιο αρχαιολόγο Michael Katzev και την ομάδα του αποτελεί το καράβι της Κερύνειας. Το αρχαίο ναυάγιο, ένα πραγματικά «κλειστό εύρημα», είναι ένας θύλακας χρόνου από την εποχή που χάθηκε το καράβι.