Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ιθάκης κτίστηκε μεταξύ του 1963 και 1966, αντικαθιστώντας το παλαιό που είχε καταστραφεί στο φοβερό σεισμό του 1963, κατά τον οποίο είχαν καταστραφεί και πολλά ευρήματα. Το νέο Μουσείο ξεκίνησε να λειτουργεί από το 1972, ενώ οι επανεκθετικές εργασίες ολοκληρώθηκαν το 1976. Η μόνιμη έκθεση του Μουσείου οφείλεται στον Π. Καλλιγά, την περίοδο εκείνη Έφορο Αρχαιοτήτων της Η΄ ΕΠΚΑ Κέρκυρας, στην οποία ανήκε αρχαιολογικά η Ιθάκη, ακολουθεί τοπογραφική ανάπτυξη κατά χρονολογική σειρά σε τρεις αίθουσες. Το βάρος, ωστόσο, δίνεται στη σημαντική ανασκαφή της Νότιας Ιθάκης.