Στους αιώνες της ξένης κατάκτησης του νησιού, τα 17 μοναστήρια του απέκτησαν σημαντική οικονομική δύναμη. Ένα από τα 6 που διατήρησαν την ισχύ τους ως το τέλος ήταν το μοναστήρι της «Κόκκινης Εκκλησιάς» που χτίστηκε το 1478. Η περιοχή στην οποία αναπτύχθηκαν οι αγροτικές δραστηριότητες του μοναστηριού βρίσκεται σε κοιλάδα στις νότιες πλαγιές των Σκάρων, ανάμεσα σε μικρές κοιλάδες και πλατώματα κατάλληλα για καλλιέργειες. Η μεγάλη του περιουσία διανεμήθηκε το 1927 στους αγρότες. Έξι μετόχια της μονής αναφέρονται στην καταγραφή του 1805, πέντε από τα οποία βρίσκονται στους Σκάρους. Είναι ο Αϊ-Γιάννης στην Ασφακιά, η Ραφτοπούλα, ο Αϊ-Γιώργης, η Μαρίτσα και η Βρύση του Πασά. Αρχαιολογικά ευρήματα, που προέκυψαν κυρίως από την προσπάθεια του W. Doerpfeld να αποδείξει ότι η Λευκάδα είναι η αρχαία Ιθάκη, μαρτυρούν ότι ο αγροτικός χώρος της μονής γνώρισε διαχρονική κατοίκηση από τη 2η χιλιετία π.Χ. Η μοναστηριακή οργάνωση αποκρυσταλλώνεται στη δομή του χώρου μέσα από οδικό δίκτυο επικοινωνιών, στο οποίο τα μετόχια αποτελούσαν σταθμούς οπτικής και ακουστικής επικοινωνίας.