Την κατάληψη του νησιού από τους Τούρκους έκρινε η παράδοση της Αμμοχώστου το 1571. Λίγο αργότερα, αποστολή Ελλήνων Κυπρίων στην Κωνσταντινούπολη πετυχαίνει την επανασύνδεση της αυτοκέφαλης εκκλησίας της Κύπρου με το Πατριαρχείο από το οποίο είχε αποκοπεί το 1260.
Η εκκλησία είναι υπεύθυνη για την είσπραξη του φόρου υποτελείας των χριστιανών και την απόδοσή του στους Τούρκους. Μετά το 1660, η Πύλη την αναγνωρίζει ως τον μοναδικό εκπρόσωπο των υποδούλων. Γύρω της θα περιστραφεί ο συλλογικός βίος των Κυπρίων ως το τέλος της Τουρκοκρατίας.
Η έκρηξη της επανάστασης στην ηπειρωτική Ελλάδα έδωσε την αφορμή στον αιμοδιψή διοικητή Κουτσούκ Μεχμέτ να εκτελέσει 486 άτομα, ανάμεσά τους τον αρχιεπίσκοπο Κυπριανό και άλλους αρχιερείς. Αν και ο ελληνισμός της Κύπρου δοκιμάστηκε τη δεκαετία του 1820, η εκκλησία συνέχισε να απολαμβάνει τα παλαιά της προνόμια. Το 1839 δημοσιεύτηκε ο Χάττι Σερίφ του Γκιουλχανέ, χάρτης μεταρρυθμίσεων στην Οθωμανική Αυτοκρατορία που έμελλαν να αποτύχουν. Ύστερα από πίεση των Μεγάλων Δυνάμεων, το Χάττι Χουμαγιούν το 1856 ήταν η δεύτερη απόπειρα μεταρρυθμίσεων, με πενιχρά όμως αποτελέσματα. Τα τελευταία χρόνια της Τουρκοκρατίας, από το 1830 και μετά, οι προσπάθειες για την ανόρθωση της ελληνικής παιδείας είναι συνεχείς και ο κυπριακός ελληνισμός σημειώνει δημογραφική άνοδο. Σε αγγλική απογραφή του 1881, οι Έλληνες είναι 137.631 και οι Τούρκοι μόλις 45.458. Στο τέλος του Ρωσοτουρκικού πολέμου, η Αγγλία με αντάλλαγμα την υπόσχεση βοήθειας πείθει την Τουρκία να της παραχωρήσει την Κύπρο. Η συμφωνία υπογράφηκε τον Ιούνιο του 1878. Σχεδόν ένα μήνα αργότερα φθάνει στο νησί ο πρώτος Άγγλος κυβερνήτης.