Τον κώδωνα του κινδύνου για τα μνημεία του Κεραμεικού κρούει το Γερμανικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο που έχει αναλάβει τις ανασκαφές από το 1913. Οι συστηματικές ανασκαφές της Αρχαιολογικής Εταιρείας από το 1870 στόχευαν στον εντοπισμό του Διπύλου και του Κεραμεικού που το θεμιστόκλειο τείχος (479/8 π.Χ.) είχε χωρίσει σε δύο τμήματα, μέσα και έξω από την πόλη. Το ορόσημο με την επιγραφή ΟΡΟΣ ΚΕΡΑΜΕΙΚΟΥ επιβεβαίωσε την τοποθεσία των ανασκαφών. Η ανασκαφή των τάφων συνεχίστηκε στο χώρο δυτικά της Ιεράς Πύλης. Στη δεκαετία του 1930 αποκαλύφθηκε η σημαντικότερη νεκρόπολη της Αθήνας και της Αττικής από τη γεωμετρική περίοδο (10ος-8ος αιώνας π.Χ.). Τα πλούσια κτερίσματα, κυρίως αγγεία, εκτέθηκαν σε μικρό μουσείο που κτίστηκε το 1936. Όταν το 1956 οι ανασκαφές επαναλήφθηκαν, αποκαλύφθηκαν μεγάλα ταφικά μνημεία στην περιοχή της Ιεράς Οδού και, έξω από τα τείχη, πάνω από 7.000 όστρακα εξοστρακισμών. Σήμερα, καταβάλλεται προσπάθεια ώστε η ανασκαμμένη περιοχή να εμφανίζει όσο το δυνατό την όψη που είχε στην αρχαιότητα. Για την αποσύνθεση των τοίχων και των μνημείων δεν ευθύνεται τόσο η άγρια βλάστηση όσο η ατμοσφαιρική ρύπανση και, ειδικότερα, το διοξείδιο του θείου που εκπέμπει το παρακείμενο εργοστάσιο του γκαζιού. Για τη διάσωση των επιτύμβιων μνημείων τουλάχιστον προτάθηκε η φύλαξη των πρωτοτύπων σε κλειστό χώρο και η αντικατάστασή τους με αντίγραφα. Καθώς όμως η ελληνική πλευρά δεν ενέκρινε την κατασκευή νέας πτέρυγας του μουσείου, οι προσπάθειες για τη συντήρηση των ταφικών μνημείων του Κεραμεικού έχουν σταματήσει.