Η ανακήρυξη της Αθήνας σε πρωτεύουσα του κράτους (1834) ανέδειξε οξύ το πρόβλημα στέγης για τις δημόσιες υπηρεσίες και τους κρατικούς λειτουργούς. Η αυτοψία κρατικών υπαλλήλων έδειξε ότι, εκτός από το Μέγαρο Κοντόσταυλου όπου κατοίκησε προσωρινά ο Όθων, κατοικίες με πολλά δωμάτια υπήρχαν μόνο δύο, στην Καπνικαρέα, και ανήκαν στον κόμητα Μποτσάρι και στον Υδραίο Γιούρντη. Το σπίτι των Κλεάνθη και Schaubert είχε ήδη νοικιαστεί για τη στέγαση του Γυμνασίου. Επείγοντα χαρακτήρα είχαν πάρει οι αίθουσες απονομής της δικαιοσύνης, το Πρωτοδικείο, το Κακουργιοδικείο, το Εφετείο και ο Άρειος Πάγος. Σε τρία κτήρια που ανήκαν στην κυβέρνηση, όπως και στο Φετιχιέ τζαμί, στο Μεντρεσέ και στο τζαμί του Τζισδαράκη δεν μπορούσαν να γίνουν επισκευές γιατί η περιοχή ήταν προορισμένη για αρχαιολογικές ανασκαφές. Σε περίπτωση που η κυβέρνηση αποφάσιζε να ανοικοδομήσει, θα ξεσήκωνε την κοινή γνώμη. Ο τότε υπουργός Δικαιοσύνης Γ. Πραΐδης προτείνει να αξιοποιηθούν τέσσερις από τις ερειπωμένες εκκλησίες του κέντρου. Πράγματι, αρχίζουν οι επισκευές στις εκκλησίες της Αγίας Ελεούσας, του Αγίου Αθανασίου και του Χριστοκοπίδη. Η τέταρτη εκκλησία, η Παναγία του Κανδήλη, κρίθηκε τελικά ακατάλληλη. Αποφασίζεται ο Μεντρεσές να χρησιμοποιηθεί ως φυλακή. Ο διευθυντής της τεχνικής υπηρεσίας E. Schaubert αναθέτει τη μετασκευή των τριών εκκλησιών στον βοηθό-αρχιτέκτονα της υπηρεσίας Χριστιανό Χάνσεν. Η μόνη τροποποιημένη εκκλησία που σώζεται σήμερα, ενσωματωμένη στο κτήριο του Παλαιού Κακουργοδικείου, είναι η Αγία Ελεούσα στου Ψυρρή. Η μορφολόγηση των όψεων του κτηρίου, που πρέπει να ανεργέθηκε στα μέσα της δεκαετίας του 1830, μαρτυρεί ικανότατο αρχιτέκτονα. Βλέπουμε εδώ τα παράθυρα που ο Χάνσεν θα χρησιμοποιήσει στο Πανεπιστήμιο, όπως και την κεντρική εξώθυρα με το μαρμάρινο πλαίσιο που κλέβει τις εντυπώσεις στην πρόσοψη. Οι δύο παρωτίδες αποτελούν θαυμάσια δείγματα αντιγραφής και ενσωμάτωσης των παρωτίδων της βόρειας στοάς του Ερεχθείου.
Σήμερα, μισοκαμένο και τρισάθλιο, το κτήριο στριμώχνεται ανάμεσα σε αυθαίρετες παράγκες και βάρβαρα τσιμεντένια κατασκευάσματα.