Μόνο το Φράγχθι στην Αργολίδα παρουσιάζει στρωματογραφημένα ευρήματα από την Παλαιολιθική σε συνεχή διαδοχή ως τη Χαλκοκρατία. Λείψανα από την Αρχαιότερη Νεολιθική που ανάγεται στην 6η χιλιετία βρέθηκαν στο Κοίλωσι Καρύστου και στου Μαρμαρά τη σπηλιά στα Πολιτικά της Εύβοιας. Στην κεραμική των λίγων οικισμών της Εύβοιας διαφαίνονται έντονες σχέσεις με τη Νέα Μάκρη Αττικής. Στη Νεότερη Νεολιθική που απλώνεται σε όλη την 5η χιλιετία η ανθρώπινη παρουσία στα σπήλαια γενικεύεται. Στην Εύβοια αξιοπρόσεχτο είναι το σπήλαιο Σκοτεινή στα Θαρούνια και το σπήλαιο Μέριανη του Μίστρου. Η Τελική Νεολιθική έχει μεγάλη διάρκεια (4100-3200 π.Χ.) και αφορά «πολιτισμό του Αιγαίου». Ανερμήνευτη παραμένει η σπανιότητα λειψάνων από τη Χαλκοκρατία. Ευρήματα βρέθηκαν στα σπήλαια της Δραγκονάρας, Γκρασπηλαία, Φράγχθι, Κουφιέρου, και στο σπήλαιο Νέστορος. Η μυκηναϊκή περίοδος αντιπροσωπεύεται από τη Σκοτεινή και την Τουρκοσπηλιά στην Εύβοια. Στους ιστορικούς χρόνους, τα σπήλαια έγιναν χώροι λατρείας ή ταφών. Η χρήση των σπηλαίων ως μόνιμης κατοικίας από τη Νεολιθική εποχή και πέρα είναι απίθανη. Πιθανότερη είναι η εποχική διαβίωση κυρίως βοσκών με τα κοπάδια τους, χωρίς να αποκλείεται η ταφική χρήση. Βέβαιο είναι ότι περιστασιακά οι σπηλιές λειτούργησαν ως καταφύγια από επιδρομές, τόποι απομόνωσης σε επιδημίες ή και για το «σπήλιωμα» ασθενικών νεογνών. Σπηλιές με ταφές βρέθηκαν στην Εύβοια, στην Κρήτη, στη Ρόδο, στη Μάνη. Βιοτεχνική χρήση έχει βεβαιωθεί για τη Γκρασπηλαία της Οχτωνιάς. Δημοσιεύονται δύο πίνακες: ο ένας με τα σπήλαια της Εύβοιας, ο άλλος με τα προϊστορικά σπήλαια της Ελλάδας εκτός της Εύβοιας και της Κρήτης.