Στους χώρους του παλαιού τουρκικού Διοικητηρίου προσαρμόστηκε η σύγχρονη επανέκθεση. Τα ευρήματα, που εκτίθενται με χρονολογική σειρά, προέρχονται από τις ανασκαφές της Ιταλικής Σχολής στην Πολιόχνη, το Καβείριο και την Ηφαιστία, τα ευρήματα της Κ΄ Εφορείας από τη Μύρινα κυρίως, περιλαμβάνονται όμως και οι αρχαιότητες από την Ίμβρο που είχε στείλει ο Επίσκοπος στην Αθήνα λίγο πριν τη Μικρασιατική καταστροφή. Αντίγραφο του Έρωτα που έφτιαξε ο Λύσιππος, σφίγγες και σειρήνες συντροφιά στον Κάτω Κόσμο, Απόλλωνας κιθαρωδός, αυλητής, γυναίκες μουσικοί, από τους τάφους των αθηναίων κληρούχων μελαμβαφή αγγεία αττικά, ειδώλια και σκεύη, τα ελληνιστικά εργαστήρια κεραμικής από την Ηφαιστία και τη Μύρινα, ο αποθέτης από το Καβείριο.