Με εκπαιδευτικά προγράμματα και υλικό, το Παιδικό Μουσείο απευθύνεται στα παιδιά του Δημοτικού και τους δασκάλους τους για να τους ευαισθητοποιήσει στις ειδικές μεθόδους διδασκαλίας στα Μουσεία. Από τα τρία προγράμματα, το «Ταξίδι στο χρόνο» και «Οι δώδεκα θεοί» αφορούν την αρχαία Ελλάδα και «Η Ελληνική Επανάσταση στο Μουσείο» τη νεότερη ιστορία. Στους δασκάλους παρέχεται υλικό που θα τους βοηθήσει να προετοιμάσουν τους μαθητές για τα εξής μουσεία: Βοτανικό, Βυζαντινό και Χριστιανικό, Δημοτική Πινακοθήκη, Εθνικό Αρχαιολογικό, Εθνικό Ιστορικό, Πολεμικό, Κέντρο Λαϊκής Τέχνης και Παράδοσης Δήμου Αθηναίων, Μουσείο Ελληνικής Λαϊκής Τέχνης, Μουσείο και Κέντρο Μελέτης Ελληνικού Θεάτρου, Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης Βορρέ.